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本发明涉及一种适用于呼吸道标本采集的自动装填密封设备,包括有转台,转台上安装有立柱,立柱上安装有咽拭子自动装填装置,咽拭子自动装填装置下方设置有咽拭子自动密封机构,咽拭子自动装填装置与咽拭子自动密封机构之间设置有咽拭子自动脱离装置。由此,依托于咽拭子自动装填装置的存在,可以实现咽拭子的逐个自动供料,可以实现咽拭子与采样设备或是采用机器人的自动结合,无需人工介入。设有独立的咽拭子自动脱离装置,可针对常规的采样设备或是采用机器人实现对已采样的咽拭子的免接触分离,确保样品不受污染。采用咽拭子自动密封机构,可以实现咽拭子的快速封装,减少其暴露在空气中的时间,避免交叉感染,且提高使用安全性。