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本发明公开了一种降低红曲中桔霉素含量及制备红曲酒的方法。降低红曲中桔霉素含量的方法,包括如下步骤:将经超声破碎处理的酱香型大曲、清香型高温大曲、清香型中温酒曲、浓香型酒曲复配得到预处理酒曲复配曲;将上述未经超声破碎处理的酒曲复配得到原酒曲复配曲;再将两者复配得到终酒曲混合曲;将月见草花粉末经蒸汽爆破处理后加到水中,并加入漆酶进行酶解处理,得到预处理的月见草花液;将活化后的红曲霉种子液接种到培养液中,发酵2‑2.5d;再加入最终混合酒曲和预处理月见草花液,发酵5‑6d,得到桔霉素含量降低的红曲霉发酵液。将发酵液过滤后与清香型基酒勾兑得到红曲酒。本发明通过控制红曲霉的代谢降低了红曲中桔霉素含量。