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本发明公开了一种文件存储加密方法，包括：S100将待存储的文件原文通过数据流的形式转换成二进制原文数据；S200将二进制原文数据按照预设位数H由前向后进行分组，最后一组二进制原文数据的位数小于或等于H；S300获取分组后位数为H的二进制原文数据组的组数N；S400根据位数H及组数N确定加密参数C；S500根据加密参数C，将二进制原文数据组进行加密，获得对应的二进制密文数据组；S600将所有的二进制密文数据组按顺序进行组合，形成二进制密文数据，并将二进制密文数据转换为文件密文进行存储。此外，本发明还公开了一种文件存储系统。采用本发明的加密方法对数据进行加密，提高了数据的安全性。
