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本发明提供一种变电站故障诊断方法,包括:步骤一:依据变电站的电压等级特性,将变电站分成k个独立区域;步骤二:分别对各个区域,采用粗糙集约简方法进行警报信息处理和约简,获得约简后的信息,并用于建立构建诊断模型时所需要的故障知识产生式规则集;步骤三:依据上一步所获得的产生式规则集,分别建立每个区域的基于二进制推理脉冲神经膜系统的故障诊断模型;步骤四:分别利用以上诊断模型的矩阵推理算法进行知识推理,获得每个诊断模型的诊断结果;步骤五:依据判定规则,确定故障设备。本发明方法提高了容错性、诊断效率、诊断结果正确性和可理解性。