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本发明公开了一种生物污水灭活罐的运行状态自动切换方法,属于污水处理领域,方法适用于对生产动物疫苗时产生的生物污水进行自动灭活。本发明所应用的生物污水灭活系统,包括一个用于收集污水的污水收集池、两个灭活罐及连接装置。污水收集池和灭活罐装有液位传感器,污水收集池液位状态有三种:“低”、“中”、“高”;灭活罐液位状态有两种:“低”、“高”;灭活罐有三种工作状态:“进污”、“灭活”、“空闲”。根据污水收集池液位状态、灭活罐液位状态及灭活罐当前工作状态,切换灭活罐的后续工作状态。本发明生可使污水灭活系统实现全自动运行,过程中不需要人为的去操作,提高系统自动运行效率。