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本发明公开了一种人工湿地防堵塞预警系统及方法,所述预警系统包括样本污水实验模块、待净化水源净化情况获取模块和预警信息输出模块,所述样本污水实验模块用于获取人工湿地对样本污水的净化处理情况,所述待净化水源净化情况获取模块用于获取人工湿地对待净化污水的初始净化处理情况以及经过若干个检测周期后的人工湿地对待处理污水的净化处理情况,所述预警信息输出模块根据待净化水源净化情况获取模块获取的信息输出人工湿地的预警信息,述样本污水实验模块包括净化前样本数据采集模块、净化后样本数据采集模块和第一参考变化率计算模块。