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本发明提供了一种全自动玻片染色系统,其特征在于,包括机架、进仓机构、出仓机构、玻片架、传送系统和喷剂系统,所述进仓机构和出仓机构并排设置于机架的左右两端,所述传送系统的首尾两端分别设置于所述进仓机构和出仓机构底部;所述喷剂系统设置于进仓机构和出仓机构之间且位于所述传送系统的后侧;本发明提供的全自动玻片染色系统的有益效果为:解决了临床实际染色工作中“批次多,数量多少不一”的难题,真正实现了染色工作的全自动化,提高了工作的灵活性,能够“随到随染”,降低了操作人员的工作复杂程度,确保了操作精度和染色质量,便于诊断,且操作简单,更加环保。