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本发明提供一种微生物采样仪器及方法,其包括操作台、机架、竖向移动单元、横向移动单元、翻转结构;所述操作台上具有试管放置区域和采样区域;通过这种结构的设置,能够实现夹持结构在横向方向的移动,进而能够在试管存放区域和待采样的区域之间进行位置移动;另外,通过竖向移动单元能够进行竖直方向上的位置移动,进而通过对于夹持结构的竖直运动而实现对于夹持结构的竖直运动,进而实现把取样试管下降取样待检测样品或者下降放置到试管架的目的。通过翻转结构的设置能够实现对于取样试管在竖直方向上的摆放角度的调整。通过这种结构实现了对于样品的自动取样过程,避免了人工进行取样的过程,特别适用于大批量、连续化的操作。