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本发明涉及信息安全技术领域,具体而言,涉及针对集中式电子数据保全系统的数据指纹提取方法及系统。该方法包括:服务器从客户端获取保全数据,对保全数据进行分类规整处理,构建保全树,采用哈希算法对保全树进行加密,得到第一密文和第一密钥;服务器将第一密文和第一密钥发送至权威机构CA;权威机构CA接收之后,解密得到第一数据;权威机构CA对第一数据加盖时间戳,生成数据指纹,对数据指纹进行加密处理,得到第二密文和第二密钥;权威机构CA将第二密文和第二密钥发送至服务器;服务器接收之后,解密得到第二数据;服务器制作保全证书,并将保全证书发送至客户端。解决现阶段的数据保全中存在的保全信息不完整以及加密效率低的问题。