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本发明涉及一种河流水质反演方法及系统,具体地,获取河流区域的高光谱数据,对高光谱数据进行辐射校正,根据高光谱中的波段构建多个指标,计算每个指标与水质参数的相关性,按照相关性对指标排序,基于指标排序结果确定水质参数对应的指标集合;基于水质参数的相关性和水质参数的指标集合的相关性对水质参数聚类;在训练过程中,对于每个簇,按照簇的指标集合中指标与簇中水质参数的相关性确定指标的重要性,基于指标的重要性确定每棵树进行分裂时的分裂指标选取概率,并根据簇的轮廓系数确定分裂停止条件;使用训练好的模型对新的高光谱数据进行反演,得到水质参数。