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本发明涉及医用消毒设备技术领域，具体为一种医用超临界二氧化碳灭菌系统，包括工作箱，所述工作箱的前侧板上内嵌安装有入口，所述工作箱的侧板上固定安装有电机，所述工作箱内转动连接有夹持机构，所述工作箱的顶部设置有清洁机构，所述清洁机构包括出水管，所述工作箱的顶部固定安装有水泵和出水箱。本发明通过使用夹持机构，可以在试管插进工作箱的过程中将试管夹住，并且通过电机驱动，并且与清洁机构相互配合，将夹持好的试管旋转至清洁机构的下方，清洁机构将试管清洁完成，而清洁机构可以按照先喷射超临界二氧化碳再喷射清洁液的顺序，对试管内进行喷射清洁，使超临界二氧化碳吸收了药学成分后被及时清理出试管，避免二次污染。
