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一种含酰亚胺结构的改性聚萘二甲酸乙二醇酯及其制备方法,属于高分子材料及其合成的技术领域,所述改性聚萘二甲酸乙二醇酯由包含衍生自二酐化合物的二羟基共聚单体通过酯交换法制备,所述衍生自二酐化合物的二羟基共聚单体,其中所述的二酐化合物选自均苯四甲酸二酐(PMDA)、3,3’,4,4’‑联苯四甲酸二酐(BPDA)、4,4’‑联苯醚二酐(ODPA)、3,3’,4,4’‑二苯酮四甲酸二酐(BTDA)、1,4,5,8‑萘四羧酸二酐(NTDA)中的一种或两种以上。衍生自二酐化合物的双羟基单体的引入能够在提高聚‑2,6‑萘二甲酸乙二醇酯的玻璃化转变温度的同时,降低其熔点,达到提高耐热性和加工性能的改性目的。