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根据现有方案存在的问题,本发明提出了一种基于深度学习的主从控制方法及应用,在确立执行单元的运动坐标系后,建立主从映射关系,利用主从映射关系来描述所述执行单元对应的主从手的运动学正逆运算,构建主从异构型模型;在主从关系下进行目标的实时跟踪,得到跟踪结果数据,最后通过卷积神经网络进行深度学习,完成所述执行单元的控制过程。本发明能够便于操作者在主从控制模式下根据目标跟踪算法的辅助,提升柔性机器手的操控精度,便于在复杂且狭窄的手术空间中进行手术,从而降低手术风险,缓解医生压力。