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本发明公开了基于分子动力学的复合材料优化的方法，包括：S1.根据分子动力学模拟方法对纯PMMA分子链进行建模得到纯PMMA无定型晶胞，计算纯PMMA无定型晶胞的力学性能；S2.根据分子动力学模拟方法对不同直径的纳米SiO2粒子进行建模得到不同直径的纳米SiO2粒子模型；S3.根据分子动力学模拟方法将纳米SiO2粒子和PMMA分子链进行复制并传送到晶胞内，构建PMMA/SiO2复合材料无定型晶胞；S4.对所述纳米SiO2粒子进行改性，将改性后的纳米SiO2粒子和PMMA分子链进行复制并传送到晶胞内，构建PMMA/改性SiO2复合材料无定型晶胞；S5.计算PMMA/SiO2复合材料与PMMA/改性SiO2复合材料的力学性能；将计算得到的PMMA/SiO2复合材料的力学性能、PMMA/改性SiO2复合材料的力学性能分别与纯PMMA无定型晶胞的力学性能进行比较，得到结果。
