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本发明的基于核磁共振的冻土渗透系数系测定系统,包括渗透液供给装置和渗透试验设备,渗透试验设备置于低温保温装置中;还包括核磁共振设备和处理器,核磁共振设备用于对试件进行测定,处理器用于根据核磁共振设备测定的结果计算试件的渗透系数。本发明的冻土渗透系数系测定方法,在渗透试验前后对试件的纵剖面进行核磁共振成像,获取渗透长度,然后利用公式计算渗透率,γw为渗透液的容重,L为试件的长度,t为渗透时间,P为渗透液压强。本发明采用核磁共振技术,测量结果更为精确、可靠,并且可以直接观测到试件内部的水分运移情况,实现冻土试样渗透过程中水分运移的可视化与精确得出冻土的渗透系数。