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本发明属于图像处理领域,具体涉及一种基于RAPNet网络的脑肿瘤MRI图像三维分割方法,包括构建RAPNet网络并对其进行训练;将脑部MRI图像输入到训练好的RAPNet网络中进行图像识别分割,得到分割后的脑肿瘤MRI图像及其亚结构区域,RAPNet网络包括主干网络、特征金字塔以及辅助预测,主干网络由空洞卷积和多个ISE‑R2CU单元组成,用于提取输入图像的浅层特征和深层特征;本发明采用的由3D空洞卷积和跨模型注意力机制构成的特征金字塔与主干相结合以学习整个肿瘤及其亚结构的有效特征,从而具有拟合肿瘤内各种组织边界的优势。